Главное.
При утрате счета-фактуры можно оформить его дубликат.
Подписать дубликат счета-фактуры должны лица, уполномоченные подписывать счета-фактуры на дату составления дубликата.
Продавец может оформить дубликат счета-фактуры, например, в случае, если покупатель утерял его оригинал. Дубликат - это дополнительный экземпляр подлинника документа. При оформлении дубликата необходимо применять общие правила составления счетов-фактур.
При составлении дубликата счета-фактуры в него следует перенести все данные из оригинала без изменений: номер, дату счета-фактуры, данные о покупателе и продавце, о товаре, количестве, цене, налоге и т.п.

Единственное отличие, которое допускается в дубликате, - подписи. Например, если на момент составления дубликата в организации продавца изменился руководитель или главный бухгалтер. Дубликат должны подписать лица, уполномоченные на подписание счетов-фактур на момент составления дубликата (п. 6 ст. 169 НК РФ, Постановление ФАС Московского округа от 25.05.2012 N А40-110048/10-140-598).

Если дубликат счета-фактуры подписали не те же лица, кто подписывал его оригинал, то покупателю целесообразно подтвердить перепиской с продавцом оформление дубликата (например, сопроводительным письмом продавца) и документы, подтверждающие полномочия лиц, подписавших дубликат. Также продавец может сделать на дубликате отметку о том, что это дубликат, и указать дату его составления. Эти документы могут потребоваться покупателю при налоговой проверке.

Важно!

Если в дубликате счета-фактуры изменены какие-то данные по сравнению с оригиналом (кроме подписей уполномоченных лиц), то такой счет-фактура не может считаться дубликатом. То есть у покупателя будет отсутствовать счет-фактура, что является основанием для отказа в вычете.

Налоговый кодекс РФ не предусматривает возможности для продавца оформлять дубликаты счетов-фактур и принятия покупателем к вычету сумм НДС по ним. Принятие к вычету НДС на основании дубликата счета-фактуры грозит налоговыми рисками.

Имеется судебная практика, согласно которой вычет по дубликату счета-фактуры правомерен, если соблюдены другие условия для вычета НДС (Постановления ФАС Центрального округа от 01.06.2016 N Ф10-1645/2016, ФАС Поволжского округа от 05.05.2014 N А12-16582/2013, ФАС Московского округа от 25.05.2012 N А40-110048/10-140-598). Дубликаты должны быть оформлены надлежащим образом, как предусмотрено законодательством о налогах и сборах и налоговым органом не доказано, что сведения, содержащиеся в этих документах, неполны, недостоверны и (или) противоречивы.

Дубликаты счетов-фактур, выданные продавцом взамен утраченных, содержат все обязательные реквизиты документов - в них указаны наименования, адреса продавца и покупателя, их ИНН/КПП, подписи руководителя. Понесенные обществом расходы документально подтверждены, имеют производственный характер и направлены на получение дохода от реально осуществляемой предпринимательской деятельности.
Можно получить от поставщика копии счетов-фактур взамен утраченных. Однако стоит помнить, что копии счетов-фактур должны быть заверены руководителем контрагента. Он должен поставить на них штамп "Копия верна", свою подпись и печать, дату заверки копии.

До получения копии счета-фактуры от поставщика необходимо создать комиссию, которая установит причины утраты бумаг и зафиксирует их в акте об утрате. Членами комиссии необходимо назначить заместителя директора, главного бухгалтера, начальника охраны и т.п. Комиссия должна составить акт, в котором следует подробно описать, когда и при каких обстоятельствах были утрачены бумаги.
При необходимости обратиться в МВД, МЧС для, получения справок. Важным критерием являются и активные действия со стороны фирмы - попытки восстановления утраченных документов: направлять запросы на восстановление бумаг, вести переписку по восстановлению первичной документации, телеграммы, почтовые реестры, чеки и квитанции. Не редки случаи, когда по данному основанию у налогоплательщика нет никаких доказательств. Суды крайне критично оценивают отсутствие попыток восстановления бумаг. В итоге компании часто проигрывают в суде именно по этой причине.

  1. Необходимо также регулярно проводить сверки с контрагентами, составляя при этом акты сверки взаимных расчетов. Для доказательств необходимо руководствоваться следующими рекомендациями: назначьте ответственное лицо, которое будет взаимодействовать с контрагентами для изготовления дубликатов утерянных документов, а также сохраняйте копии отправленных запросов, переписку с контрагентами, почтовые квитанции об отправке писем.Что еще поможет компании доказать свою добросовестность:составить подробный расчет, из которого будет видно, что сумма вычетов НДС по утраченным документам соответствует оборотам по счетам, поступлениям денежных средств, суммам уплаченных налогов; 
  2. при восстановлении утраченных документов контрагент не должен быть организацией, признанной ликвидированной, фирмой -"однодневкой", подставной организацией, участником схем ухода от налогообложения;
  3. отразить в бухгалтерской отчетности факт хищения/утраты ОС (оргтехники, серверов, электронных баз данных и т.п.);
  4. заключить договор на восстановление электронных баз данных и представить его в качестве дополнительного аргумента, доказывающего намерения компании вернуть "первичку".

Компания ООО "НПК" восстановит ваш учет даже если он велся не системно, с ошибками, ваш бухгалтер уволился и забрал с собой базу. Все детали вы можете узнать на бесплатной консультации, записавшись на нее или по телефону 8(831)410-91-94.